Plankton hidup di laut mulai dari lapisan tipis di permukaan sampai pada kedalaman yang sangat dalam. Dilihat dari sebaran vertikalnya plankton dapat dibagi menjadi:
a. Epiplankton
Epiplankton adalah plankton yang hidup di lapisan permukaan sampai kedalaman sekitar 100 m. Lapisan laut teratas ini kira-kira sedalam sinar matahari dapat menembus. Namun dari kelompok epilankton ini ada juga yang hanya hidup di lapisan yang sangat tipis di permukaan yang langsung berbatasan dengan udara. Plankton semcam ini disebut neuston. Contoh yang menarik adalah fitoplankton Trichodesmium, yang merupakan sianobakteri berantai panj ang yang hidup di permukaan dan mempunyai keistimewaan dapat mengikat nitrogen langsung dari udara. Neuston yang hidup pada kedalaman sekitar 0-10 cm disebut hiponeuston. Ternyata lapisan tipis ini mempunyai arti yang penting karena bisa mempunyai komposisi j enis yang kompleks.
Dari kelompok neuston ini ada juga yang mengambang di permukaan dengan sebagian tubuhnya dalam air dan sebagian lain lagi tersembul ke udara. Yang begini disebut pleuston.
b. Mesoplankton
Mesoplankton yakni plankton yang hidup di lapisan tengah, pada kedalaman sekitar 100-400 m (jangan dikelirukan dengan ukuran plankton yang istilahnya sama). Pada lapisan ini intensitas cahaya sudah sangat redup sampai gelap. Oleh sebab itu, di lapisan ini fitoplankton, yang memerlukan sinar matahari untuk fotosintesis, umumnya sudah tidak dijumpai. Lapisan ini dan lebih dalam didominasi oleh zooplankton. Beberapa kopepod seperti Eucheuta marina tersebar secara vertikal sampai ke lapisan ini atau lebih dalam. Dari kelompok eufausid juga banyak yang terdapat di lapisan ini, misalnya Thysanopoda, Euphausia, Thysanoessa, Nematoscelis. Tetapi eufausid ini juga dapat melakukan migrasi vertikal sampai ke lapisan di atasnya.
c. Hipoplankton
Hipoplankton adalah plankton yang hidupnya pada kedalaman lebih dari 400 m. Termasuk dalam kelompok ini adalah batiplankton (bathyplankton) yang hidup pada kedalaman > 600 m, dan abisoplankton (abyssoplankton) yang hidup di lapisan yang paling dalam, sampai 3000 - 4000 m.
Sebagai contoh, dari kelompok eufausid, Bentheuphausia ambylops (Gambar 13) dan Thysanopoda adalah jenis tipikal laut-dalam yang menghuni perairan pada kedalaman lebih dari 1500 m. Kelompok kaetognat Eukrohnia hamata, dan Eukrohnia bathypelagica (Gambar 13) termasuk yang hidup pada kedalaman lebih dari 1000 m.