Kabupaten Pulau Morotai mempunyai luas wilayah 4.301,53 km², dengan luas daratan seluas 2.330,60 km² dan luas wilayah laut sejauh 4 mil seluas 1.970,93 km². Jumlah pulau-pulau kecil terdapat di Kabupaten Pulau Morotai berjumlah 33 pulau dengan rincian pulau yang berpenghuni berjumlah 7 pulau dan yang tidak berpenghuni berjumlah 26 pulau dengan panjang garis pantai mencapai 354,14 km². Adapun jumlah desa pesisir sebanyak 60 desa pesisir, dengan jumlah penduduk 56. 462 jiwa dimana 80% terdistribusi dikawasan pesisir dan pulau-pulau kecil sedangkan 20% berada di perkotaan dan desa pedalaman.
Kita tahu bahwa selama hampir 50 tahun proses pembangunan yakni mulai periode orde lama (20 tahun) dan orde baru (32 tahun), pendekatan pembangunan ekonomi hanya terpusat pada pengembangan wilayah daratan, kondisi ini menyebabkan pengembangan wilayah perbatasan yang nota bene merupakan wilayah pulau-pulau kecil hampir terabaikan. Fenomena ini sangat ironis mengingat Indonesia merupakan negara kepulauan dan memiliki banyak sekali pulau-pulau kecil terluar sebagai wilayah perbatasan. Mempertimbangkan hal tersebut, maka saat ini pemerintah mulai fokus dengan merubah paradigma konsep pembangunan yaitu melalui pendekatan kawasan khususnya pada pembangunan kawasan-kawasan strategis nacional yang secara umum berada pada kawasan kepulauan. Pengembangan ekonomi berbasis kawasan ini diharapkan akan mampu menciptakan pertumbuhan ekonomi baru dan mempunyai pengaruh langsung sebagai penghela bagi kawasan sekitarnya.
Dengan terbentuknya Kabupaten Pulau Morotai sebagai Daerah otonom, telah mendorong pemerintah memberikan perhatian khusus terhadap Pulau Morotai untuk dikembangkan menjadi kawasan pengembangan ekonomi nasional salah satunya melalui penetapan kebijakan pembangunan Kawasan Ekonomi Khusus (KEK). Kebijakan Kawasan Ekonomi Khusus (KEK) Pulau Morotai dengan mengacu pada pertimbangan faktor geostrategis yaitu melalui pemanfaatan potensi sektor Kelautan dan Perikanan, Pariwisata, Alur Laut Kepulauan Indonesia (AKLI) dan Industri maritim.
Posisi geostrategic dan geografis Morotai sebagai pintu gerbang menuju Pasifik, yang potensial menjadi sentra kegiatan perdagangan global, membuat kawasan Kabupaten Pulau Morotai berpeluang besar menjadi sentra ekonomi baru di Indonesia bagian timur. Selain itu potensi besar yang dimiliki Kabupaten Pulau Morotai adalah pada sektor kelautan dan perikanan serta pulau-pulau kecil yang dapat dikembangkan sebagai kawasan parawisata kelautan dan industry perikanan terpadu (fisheries integrated industry)
sumber : http://www.perikanan-budidaya.kkp.go.id